2005年12月，js4399金沙线图书馆新馆大楼落成并启用，大楼共五层，占地面积3489平方米，建筑面积10112.8平方米。图书馆现设馆长办公室、资源建设部、读者服务部等部门。全馆设有报刊阅览室、图书阅览室、电子阅览室、自修室等共13间，提供阅览座位1166个。

  图书馆始终坚持“读者第一，服务至上”的办馆宗旨，经过多年的努力，文献保障能力大大加强，形成以医药卫生类文献为主，社会科学、自然科学等其他学科并存的藏书体系。截至2024年，图书馆纸质文献总量达 71万余册，订购了中国知网全文数据库、万方医学网数据库和维普经纶知识服务平台数据库，自建了中国知网中文期刊全文数据库，万方医药期刊数据库、万方医药学位论文数据库等电子镜像资源，文献资源基本覆盖了学校的全部学科范畴，为提高教学科研和学科建设水平提供了信息资源保证。

 馆内大部分区域均覆盖有无线网络，各书库及阅览室均配备有公共检索机，便于读者查找资源；图书馆实行全开放、大流通的先进管理模式，读者经门禁通道凭人脸识别进入图书馆。图书馆在一楼大厅设置总服务台，解答与读者和服务相关的各类咨询。馆内提供图书自助借还服务，一楼大厅、二楼和三楼走廊均配置自助借还机。如遇借阅障碍，可至一楼大厅总服务台咨询。除寒暑假外，图书馆全年无节假日全天开放，开放时间为8：00-22：00，周开放时数98小时。